湖沼は、水域が閉鎖的であるため、水質汚濁がおこりやすく、水質汚濁が起こってしまうと、元の状態に戻りにくい性質を持っています。水質汚濁防止法の規制だけでは十分でなく，特別な配慮が必要な湖沼が指定され（現在，全国に１１湖沼，岡山県では児島湖が指定されている）、規制が強化されています。 規制の強化 湖沼総量削減計画
規制の強化 指定湖沼に流入する地域（指定地域）に，湖沼特定施設の新設や変更を行う事業所について規制基準を都道府県知事が定め，その遵守のための規制措置も定めています。 また，畜舎など，生活環境項目に関し，湖沼の汚濁の原因となるものを「指定施設」と位置づけ，構造や使用方法に関する基準を定めています。
湖沼総量削減計画 都道府県知事は，生活又は事業活動に伴い排出された水が大量に流入し，水質環境基準の確保が困難であると認められる指定湖沼について，総量削減計画を定めることとされています。この計画には，削減の目標，目標年度や目標達成の方法などが定められます。