「給与所得」と「給与以外の所得」がある場合、原則的にはそれぞれに係る市県民税額を合わせて毎月の給与から差し引く特別徴収の方法をとっています。ただし例外的に、給与所得に係る税額は給与からの特別徴収、給与以外の所得に係る税額はご自身で納めていただく普通徴収の２つの徴収方法をとることがあります。
　また、その年の４月１日現在６５歳以上で年金所得に係る市県民税額がある方の場合は、当該税額は公的年金からの引き落とし（年金特別徴収）となります（例外もあります）。
　したがって年齢や所得の内容により、「給与からの特別徴収」「公的年金からの特別徴収」「普通徴収」の最大３種類の徴収方法をとることがあります。

　この場合、所得控除等を適用する計算順序は以下のとおりとなります。

1.　給与からの特別徴収
2.　公的年金からの特別徴収
3.　普通徴収

　したがって、前年度と同種類の所得であっても、所得金額や控除額の変動等により、「徴収方法が変更された」場合、上記の計算順序も変更となります。これにより、徴収方法ごとの納付税額が変更となる場合があります。

≪計算例（所得割のみの簡略化した計算例です）≫
６５歳以上で「給与所得」・「年金所得」・「その他の所得」の３種類の所得がある方で、
給与所得１００万円、年金所得１００万円、その他の所得２０万円
社会保険料控除１５万円、医療費控除１０万円、基礎控除４３万円の場合

①年税額の計算
所得額：１００万円（給与所得）＋１００万円（年金所得）+２０万円（その他の所得）＝２２０万円
控除額：１５万円（社会保険料控除）+１０万円（医療費控除）+４３万円（基礎控除）＝６８万円

所得割額：（２２０万円－６８万円）×１０％＝１５万２千円

年税額：１５万２千円

徴収方法によって年税額の計算が変わることはありません。次に、徴収方法ごとの納付税額を計算します。


②徴収方法ごとの納付税額の計算

１．「給与からの特別徴収」、「公的年金からの特別徴収」、「普通徴収」の３種類の徴収方法がある場合
ア．「給与からの特別徴収税額」の計算
　（１００万円－６８万円）×１０％＝３万２千円

イ．「公的年金からの特別徴収税額」の計算
１００万円×１０％＝１０万円

ウ．「その他の所得」に係る税額の計算（普通徴収）
　　２０万円×１０％＝２万円

以上の計算から、「給与からの特別徴収税額」３万２千円、「公的年金からの特別徴収税額」
１０万円、「普通徴収税額」２万円　の計１５万２千円となります。
「給与からの特別徴収」から所得控除を適用するため、「公的年金からの特別徴収」及び「普通徴収」に適用する所得控除がありません。

２．「公的年金からの特別徴収」、「普通徴収」の2種類の徴収がある場合
ア．「公的年金からの特別徴収税額」の計算
　（１００万円－６８万円）×１０％＝３万２千円
　
イ．「給与所得」、「その他の所得」に係る税額の計算（普通徴収）
　（１００万円＋２０万円）×１０％＝１２万円

以上の計算から、「公的年金に係る特別徴収税額」３万２千円、
「普通徴収税額」１２万円の計１５万２千円となります。
「公的年金からの特別徴収」から所得控除を適用するため、「普通徴収」に適用する所得控除がありません。

このように、同種類の所得であっても、徴収方法の違いにより所得控除等を適用する計算順序が変更されるため、徴収方法ごとの納付税額が異なる場合があります。