構造改革特区制度は、地域の実情、現在の実情にそぐわない国の規制を、地域を限定して改革することにより、構造改革を進め、各地域の自然的、経済的、社会的諸条件等を生かした活性化させることを目的とする制度です。
実情に合わなくなった国の規制が、民間企業の経済活動や地方公共団体の事業を妨げている場合、企業等から規制改革のアイデアを受付（提案）、実施可能なものについては、特定の地域（特区）を設定し、実験的に規制改革を進めます。
特区で活用できる規制改革のメニュー（＝規制の特例措置）は、「構造改革特別区域計画基本方針」の別表に示され、地方公共団体が、そのメニューの中から地域の特性に応じたものを選択して「構造改革特別区域計画」を作成し、国へ申請して認定を受けてはじめて特区が誕生します。