１ 企画財政局 企画財政部 企画経営室に，課長補佐級組織の 「くらしき移住定住推進室」を新設する。
今後の人口減少社会に対応するため，特に三大都市圏等から本市へ人を呼び込む移住定住を推進する専門部署を新設する。
２ 「市民病院」を保健福祉局内の組織から市民病院として独立した組織に変更する。
市民病院が，地方公営企業法の一部適用から，より自立的な経営が可能となる全部適用に移行することに伴い変更する。
３ 建設局 まちづくり部 「新市・まちづくり推進課」を「まちづくり推進課」へ改称する。
旧船穂町及び旧真備町との合併から１０年を経て，主要な合併関連事業がほぼ完了し，今後，より一層，倉敷市として一体化したまちづくりを推進していくため改称する。
４ 建設局 建築部 住宅課「管理係」と「建設係」を統合して「管理係」とし，あわせて同課に「政策係」を新設する。
平成２８年度から市営住宅の管理業務等が指定管理者制度に移行されることに伴い，業務の効率化を目指し，「管理係」と「建設係」を統合するとともに，今後，本市の住宅政策全般の計画や施策を推進するため「政策係」を新設する。
５ 競艇事業局 競艇管理課 「管理係」と「経理係」を統合して「経営管理係」とする。
ボートレース開催業務及びＳＧレースの誘致業務に加え，老朽化した施設の改善業務などをより効率的に行うため，係を統合する。
６ 消防局 警防課 「消防係」を「消防救助係」に，「救急救助係」を「救急係」に改称する。
消防業務と救助業務を効率的に行っていくため，「消防係」を「消防救助係」に改称するとともに，業務の高度化が進んでいる救急業務を，より専門的に行っていくため，「救急救助係」を「救急係」に改称する。
７ 「水道営業課」並びに「水島営業所」，「児島営業所」及び「玉島営業所」の各係を廃止する。
平成２８年度から現在の滞納整理業務に加えて検針業務，窓口・電話業務など多くの業務を民間委託することに伴い，組織をスリム化し，業務をより効率的に行うため，水道営業課及び各営業所の係制を廃止する。